河馬的起源在科學界爭議近200年，美國國家科學院院刊24日報導，一個法國、美國和查德科學家小組根據化石及基因分析，確定河馬和鯨魚是近親。

希臘人根據體型認為河馬是馬的親戚，希臘文的河馬(hippopota-mus)，意思是不折不扣的river horse。200年前，法國先驅古生物學家古維耶根據齒列，認為河馬和豬才是近親。現在，柏克萊大學波瓦西里教授領導的美、法、查德小組證明，體型和齒列都不是動物分類的可靠根據，鯨類和河馬全不相像，卻是同源兄弟。

1985年，柏克萊大學分子演化學先驅沙里希教授分析血蛋白，發現鯨魚和河馬有關係，其後根據粒腺體、細胞核、核糖體的DNA分析，進一步確定這個關係。

沙里希的發現在科學界和古生物學界引起熱辯，2001年巴基斯坦出土一批肢體近似偶蹄動物的鯨魚化石。配合其他鯨魚、河馬、偶蹄動物化石，河馬和鯨魚關係的環節終於確定。

據此新說，鯨和牛、豬、羊、羚羊、駱駝、長頸鹿都是偶蹄哺乳動物。