針對媒體報導，雪山隧道通車之後，造成北、宜兩地山泉水大減，農作物產量銳減等等問題，對此，交通部國工局表示：媒體誤將「地表水」與「深層地下水」混為一談。國工局指出：民國91~92年間，台灣地區出現乾旱的現象，才是導致翡翠水庫蓄水下降，山泉水銳減，茶樹枯死等問題的主要原因。國工局未來將會加強監測，到目前為止，並沒有具體的證據可以證明：因為開通雪山隧道，引發、宜兩地缺水危機。（彭群弼報導）
興建雪山隧道之後，將地下龍脈斬斷，千年水流失等等說法，每隔一段時間就會出現，施工單位國工局就得出面否認一次，這一次，面對部分媒體遍訪當地民眾，學者，提出多項說法，質疑雪山隧道已經造成北、宜兩地農作受損，甚至將造成北，宜兩地將面臨大缺水的危機！
對此，國工局表示：曾經在93~94年間，委託學術單位進行雪山隧道工程施工湧水與鄰近地表、地下水文及翡翠水庫進流變異的關聯研究，依據水文與水平衡分析的研究結果顯示：民國91年及92年間，翡翠水庫嚴重缺水的主因是天氣出現嚴重乾旱，導致用水吃緊...。