納莉颱風的各項表現讓全球各氣象單位跌破眼鏡，並創下滯台時間最久、臺北新竹嘉義最大單日降雨紀錄、由東北至西南侵台之怪異路線、四度增強減弱、警報次數最多等多項紀錄。由於颱風停留時間過久及其貫穿的特殊路徑所致，台灣地區降下豐沛雨量，造成北臺灣嚴重水患，多處地方單日降雨量皆刷新歷史紀錄。臺北市捷運及臺鐵臺北車站淹水，部分山線、海線及花東線中斷；多處地區引發土石流災害；近165萬戶停電；逾175萬戶停水。共有94人死亡，10人失蹤。全省有408所學校遭到重創，損失近8億元；工商部分損失超過40億元；農林漁牧損失約42億元。
納莉颱風帶來的暴雨，使北部山區降雨量創下14年來新高，多處累積的雨量超過了三百毫米，北部平地雨量更是創下1930年來歷史最高紀錄。北台灣地區基隆、宜蘭及台北縣市一片汪洋，10多處地方爆發泥石流，溪水暴漲、河水倒灌、道路崩塌，造成嚴重人員傷亡。據統計，下雨三小時後，三分之二的北部就已成水鄉澤國，繁榮極盛的北投、士林、內湖、南港都遭沒頂，九成以上的地下停車場都已被淹，數萬部車擠向制高點逃離；泥石流更把北投、陽明山這等寶貴的景觀也毀滅了。
根據中央災害應變中心公佈納莉颱風最新的災情統計，納莉颱風共造成台灣地區，有九萬三千餘戶停電、二十一萬八千餘戶停水中，並有一百四十九棟大樓地下室處於積水狀態。電信方面，有二十一萬五千餘戶市內電話故障；行動電話基地台仍有四百四十座故障。軌道運輸方面，松山至板橋間地下化隧道及松山至福隆間路線，基隆至八堵間及台北車站，台北捷運淡水線及板南線各地下站內積水。公路運輸方面，四十四條路線一百處坍方及路基流失造成交通中斷部份。
納莉颱風於民國九十年九月十七日以略快於人類步行的速度，慢慢掠過台灣北部，在基隆、汐止、陽明山、南港等地合計下了超過4000公釐的雨量，造成基隆河兩岸嚴重的淹水，台鐵與台北捷運之地下隧道亦嚴重積水，台北捷運位於交九用地地下四樓之重運量系統行車控制中心，控制設備甚至泡水。台北市之道路交通也因捷運系統無法正常行駛，又回到以往擁擠、堵塞、難以掌握之混亂狀態，再加上泡水傢俱無法及時清運，有些地區水電供應仍不正常，全市均處於動盪不安之狀況。

參考：中央災害應變中心報告